Superata la prima fase di organizzazione e di raccordo con gli studi eseguiti precedentemente, lo STI prende via via un andamento sempre più regolare e armonico e, lasciata la sede provvisoria nell’Oratorio della Parrocchia del S. Cuore a Lido di Camaiore, con l’Anno Accademico 1993-1994, si trasferisce stabilmente nell’ex-Convento di S. Lazzaro a Camaiore. Qui si realizzano alcuni adattamenti dello Statuto necessari per il buon funzionamento delle attività didattiche, si cura la struttura e gli organi di governo, si accolgono le suggestioni provenienti dagli studenti e dai professori. Dal 1995 si perfeziona il Piano di studi tenendo conto delle difficoltà emerse all’avvio dell’esperienza: frammentazione, pletora d’esami, difficoltà riguardanti il cosiddetto “sesto anno”.
Una commissione istituita dai vescovi prepara un piano di studi che, pur non rappresentando una novità assoluta, apporta innovazioni rilevanti perché si adotta un’articolazione bipartita in sostituzione di quella tripartita (biennio-triennio-anno pastorale): il sessennio si suddivide in due trienni, il primo filosofico-teologico e il secondo teologico-pastorale. Le principali discipline della teologia pratica, della catechetica e delle scienze umane presenti in precedenza nel sesto anno, sono recuperate e diluite nel secondo triennio, acquistando così una sistemazione organica nel quadro curriculare. L’ultimo anno risulta, in questo modo, parte integrante di un percorso durante il quale la formazione teologica e quella pastorale cercano una fusione coerente e solida. La proposta del Piano di studi è stata redatta e approvata il 25 marzo 1996 dal vescovo Moderatore S.E. Mons. Alessandro Plotti, Arcivescovo di Pisa alla presenza della commissione (R. Filippini, M. Gronchi., M. Bianchi, M. Viani, G. Borghetti, F. Raffaelli). Il Consiglio di Studio apporta modifiche il 24 maggio 1996 e il nuovo Piano di Studi è approvato dal Consiglio dei vescovi il 28 maggio 1996.
Una tappa importante per la vita dello STI è stato il cammino che lo ha portato a diventare Studio Teologico Affiliato alla Facoltà Teologica dell’Italia Centrale di Firenze. Porta la data del 6 ottobre 1999 il Decreto della Congregazione dell’Educazione Cattolica che ratifica ad experimentum per un quinquennio la richiesta di affiliazione, punto di arrivo di un “dialogo leale e rispettoso che ha premiato la costanza dei promotori e si pone come apertura per ulteriori mete”. Nei quinquenni successivi la stessa Congregazione ha rinnovato l’affiliazione; questo permette di conseguire il grado accademico di baccalaureato in Teologia dopo aver frequentato e sostenuto gli esami del sessennio.
Nel novembre del 2003, durante l’Apertura dell’Anno Accademico, lo STI è stato intitolato a “Mons. Enrico Bartoletti” dando attuazione a una delibera del Consiglio di Studio approvata dal Consiglio dei Vescovi dello STI. Le motivazioni di questa scelta sono state espresse a più riprese dal Consiglio di Studio e possono riassumersi brevemente. Mons. Enrico Bartoletti è stato il più grande vescovo della diocesi di Lucca nel corso dell’ultimo secolo. Dopo dieci anni di attività pastorale, nel 1973 è nominato segretario della Conferenza Episcopale Italiana. Gli anni da lui vissuti come Vescovo a Lucca sono importanti per capire la storia di quella diocesi, ma anche per cogliere più profondamente le prime scelte pastorali della Chiesa italiana. A Lucca, dopo averlo preparato, Mons. Bartoletti ha fatto conoscere il Concilio, ha avviato la riforma della Chiesa che il Vaticano II ha lanciato, soprattutto per gli aspetti che gli erano più congeniali, quali la riforma liturgica e la direttiva di riportare la Bibbia al centro della vita della Chiesa.
Nell’Anno Accademico 2002-2003, su iniziativa del Consiglio dei Vescovi, si costituisce il Centro Studi di Pastorale, con annesso Centro di Consultazione Psicologica per la vita consacrata, che offre iniziative per la formazione permanente del clero e una Scuola Triennale di Counseling Pastorale destinata a tutti gli operatori pastorali. Tale scuola si rende completamente autonoma rispetto allo STI nel 2014.
Nell’anno accademico 2009-2010, il Consiglio di Studio ha approvato la modifica al piano di studi per rispondere alle esigenze dei seminari diocesani che hanno iniziato un lavoro comune di realizzazione dell’anno propedeutico, come richiesto dalla terza edizione di “Orientamenti e norme per i seminari” della CEI del 2006.
Dopo molti anni vissuti a Camaiore nel 2019 lo Studio teologico decide il suo trasferimento a Pisa, nella sede del complesso di s. Caterina, dove ha sede il seminario di Pisa. Questo spostamento viene deciso per consentire un maggiore rapporto dello studio con l’università di Pisa e per favorire la costituzione del seminario interdiocesano tra le diocesi che costituiscono lo Studio, seminario eretto nel 2020. In questo spostamento i seminaristi della diocesi della Spezia-Sarzana-Brugnato sono stati trasferiti al seminario di Genova e si è aggiunta nella conduzione dello STI la diocesi di Volterra.
A seguito delle norme relative all’affiliazione emanate dalla Congregazione per l’educazione cattolica l’8 dicembre 2020, viene rinnovato lo statuto, e con esso lo studio viene aperto anche alla frequentazione ordinaria di religiosi/e e laici/he e torna ad adottare lo schema quinquennale per il piano di studi, con alcune materie propedeutiche, soprattutto per gli aspiranti al seminario, e una serie di proposte di studi di pastorale per integrare il cammino verso il presbiterato.
Dall’anno accademico 2023-2024, è iniziato un percorso di convergenza su aule, docenti, programmi ed ECTS per primi tre anni di studi tra lo Studio Teologico Interdiocesano «Mons. Enrico Bartoletti» Pisa e l’Istituto Superiore di Scienze Religiose della Toscana «S. Caterina da Siena» Polo di Pisa.